La investigación del centro está se lleva a cabo fundamentalmente por investigadores adscritos al Centro de Bioinformática y Simulación Molecular.

Las líneas de investigación del departamento se enumeran a continuación:

• Estudio de interacciones proteína-Ligando, cálculos de energía libre.
• Estudios de relación estructura-actividad para moléculas bioactivas. 
• Bioinformática Estructural. Modelamiento molecular para explicar experimentos de biología molecular.
• Diseño de nuevos fármacos usando modelos atomísticos. 
• Estudio de reacciones enzimáticas a través de cálculos híbridos (Mecánica Cuántica y Mecánica Molecular). 
• Biotecnología Ambiental.
• Análisis de datos biotecnológicos enfocados al área de la salud. 
• Biofísica de transportadores en la membrana. Biofísica de los canales de Potasio. 
• Biología de sistemas. 
• Simulación computacional de procesos celulares.
• Informática médica, Machine Learning y Data Mining.
• Análisis de secuencias biológicas de elementos móviles de DNA en procariontes. 
• Desarrollo de herramientas computacionales bioinformáticas.

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